Εκτός από τα μικροσκόπια και τα πιάτα Petri, οι υπολογιστές είναι ένα σημαντικό εργαλείο για μικροβιολόγους. Το λογισμικό για έρευνα μικροβιολογίας περιλαμβάνει εργαλεία που χρησιμοποιούνται από άλλους επιστημονικούς και μηχανολογικούς κλάδους, καθώς και εξειδικευμένες εφαρμογές για τη μελέτη βακτηρίων και άλλων μικροοργανισμών. Πολλές εφαρμογές που αναπτύχθηκαν από κυβερνητικούς φορείς, μη κερδοσκοπικά ιδρύματα ή ακαδημαϊκούς ερευνητές διατίθενται ως δωρεάν λογισμικό για λήψη και χρήση, όπως απαιτεί το πείραμα ή το εργαστήριό σας.
Εργαλεία οπτικοποίησης
Μια φυσική ή διανοητική εικόνα των ανεπεξέργαστων δεδομένων που συλλέγετε μπορεί να σας βοηθήσει να κατανοήσετε καλύτερα την ποιότητα, τη σημασία και τις συνέπειές του. Το λογισμικό οπτικοποίησης ανοιχτού κώδικα και εμπορικών δεδομένων είναι ευρέως διαθέσιμο για έρευνα μικροβιολογίας. Δημιουργήστε γραφήματα και γραφήματα των δεδομένων σας χρησιμοποιώντας το LibreOffice Calc, το Microsoft's Excel ή το σύστημα οπτικοποίησης δεδομένων Mondrian. Οι εφαρμογές Cell-O και RasMol σάς βοηθούν να δημιουργήσετε 2D και 3D-κινούμενα μοντέλα βιολογικά σημαντικών μορίων όπως πρωτεΐνες και αμινοξέα.
Μαθηματική Μοντελοποίηση
Μεγάλες συλλογές δεδομένων μικροβιολογίας αποδίδουν συχνά πιο σημαντικές πληροφορίες μόλις αναλυθούν αριθμητικά. Πακέτα λογισμικού MATLAB, Octave και SciPy που εκτελούν μαθηματική βελτίωση, ανάλυση και μοντελοποίηση δεδομένων επιστημόνων. Χρησιμοποιήστε αυτά τα πακέτα για να κάνετε εκτίμηση παραμέτρων μέσω προσαρμογής καμπύλης, επιδημιολογικών προβλέψεων, προσομοιώσεων ανάπτυξης βακτηρίων και θορύβου δεδομένων ή εξάλειψης στοχαστικών αποτελεσμάτων. Αυτές οι εφαρμογές εκτελούν επίσης στατιστικούς υπολογισμούς, όπως ανάλυση διακύμανσης ή δοκιμές Chi-square.
Βιοπληροφορική γονιδιώματος
Οι εφαρμογές λογισμικού μικροβιολογίας σας βοηθούν επίσης να οπτικοποιήσετε και να εξορύξετε πληροφορίες από την ακολουθία νουκλεϊκών οξέων που αποτελούν το DNA ενός μικροοργανισμού. Το Open Bioinformatics Foundation παρέχει δωρεάν, εφαρμογές αλληλουχίας και ανάλυσης DNA ανοιχτού κώδικα, όπως το BioJava και το Biopython, τα οποία εξάγουν δεδομένα από τράπεζες πληροφοριών γονιδιώματος, αναλύουν τον κώδικα DNA ενός οργανισμού και συγκρίνουν με άλλα δείγματα DNA. Πρόσθετα πακέτα ανάλυσης γονιδιώματος περιλαμβάνουν Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package ή PHYLIP και το Sequence Manipulation Suite ή SMS.
Λογισμικό αναφοράς
Ο γρήγορος ρυθμός της επιστημονικής ανακάλυψης στη μικροβιολογία και η αλλαγή των κυβερνητικών κανονισμών καθιστά απαραίτητο οι μικροβιολόγοι να έχουν άμεση πρόσβαση στις πληροφορίες που επηρεάζουν το έργο τους. Το HUGO είναι ένα εμπορικό πακέτο λογισμικού που παρέχει στους μικροβιολόγους τρέχουσες πληροφορίες για εργαλεία, χημικές ουσίες, εξοπλισμό, μέσα καλλιέργειας, απαιτήσεις ασφάλειας, νέους οργανισμούς, ταξονομικές αλλαγές και αντιβιοτικά. Επιπλέον, μικροβιολόγοι που εργάζονται στην επιστήμη τροφίμων μπορούν να χρησιμοποιήσουν την εφαρμογή Web ComBase Browser για πρόσβαση στα μικροβιολογικά δεδομένα που σχετίζονται με τα τρόφιμα που παρέχονται από κυβερνητικές υπηρεσίες στο Ηνωμένο Βασίλειο, την Αυστραλία και τις Ηνωμένες Πολιτείες.
